量子点的好处是它们的色彩更丰富、发光强度高和光化学稳定性好。除此之外，量子点还为生物医学领域提供了多色编码技术，使其在基因表达技术、高通量筛选和医学诊断方面又很大的发展前景。

但量子点也有其缺点：首先其合成条件十分苛刻，需要在高温、绝氧、绝水的条件下成核。虽然现在已经可以在室温或水环境中合成量子点，但仍需绝氧环境。另外，量子点的水溶性不好，易于聚集且对生物体有毒副作用，而且不易表面修饰。

二氧化硅纳米粒子由于表面含有大量的羟基基团，这些羟基能够和很多物质反应生成氨基、羧基、硫基等基团，二氧化硅也能吸附抗生素蛋白，这种易于表面修饰的特性使它广泛应用于生物分析，另外，二氧化硅本身无毒生物亲合性高，在生化检测领域愈来愈受重视。